行政院為落實所屬各機關年度個案計畫執行，提升管理績效及施政品質，將各機關年度個案計畫分為行政院管制(以下簡稱政院管制)、部會管制及部會所屬機關自行管制等三級列管。其中政院管制計畫，由本會會同國家科學及技術委員會共同管制；部會管制計畫，由各部會研考單位管制；自行管制計畫，由各部會所屬機關之研考單位管制。
政院管制計畫為按月管制，並按季將進度簽陳院長，督促主管部會掌握計畫執行全貌，以協助所屬排除各項困難。另為提升計畫執行成效，協助各機關落實執行及如期、如質、如度達成計畫目標，本會持續強化下列管考作為：
一、加強落實走動式管理之計畫查證(實地查證及快速查證)與協調機制，依據例外管理原則，查證計畫執行之落後原因及困難問題，適時就需協調之個案計畫，提報本會委員會議或召開專案協調會議予以解決。
二、精進推動中長程個案計畫「全生命週期績效管理機制」，鏈結自計畫立案(編審作業)、規劃(前置作業)、執行(計畫執行)、屆期(計畫結束)至事後營運各階段之績效評估。
三、施行「公共建設計畫審議、預警及退場機制」，自107年起依計畫風險程度評估篩選預警重點計畫，提供協助並適時揭露資訊，就符合退場條件者，建請行政院或要求機關自行函報終止計畫，俾強化計畫審議及資源重排序回饋功能。