依據「行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點」第13點規定，中長程個案計畫之類別屬公共建設計畫者，各機關應於營運期間，適時辦理營運評估作業；本會並得視計畫之重要性，擇案辦理複評作業。
為規範營運評估各階段作業時程，行政院於110年9月3日函頒「行政院所屬各機關公共建設計畫營運評估作業原則」，明訂中長程個案計畫執行完成後辦理營運評估之擇定原則、提報及審核機關、辦理流程及資料格式等，使各機關辦理營運評估作業有所依循。
針對計畫營運評估結果，本會得擇案邀集學者專家、行政院相關業務處、行政院公共工程委員會、行政院主計總處等相關計畫審議機關辦理複評作業，複評意見主要可供各機關作為後續營運管理及相關計畫推動之參考，藉以落實機關營運管理權責，並可作為本會後續檢討修正營運評估制度之參考。
公共建設計畫營運評估作業流程圖
