行政院組織法於99年2月3日修正公布，明定新的行政院組織架構為14部8會1行1院2總處及3獨立機關，並定自101年1月1日開始施行，已充分展現行政院推動組織改造之決心。配合立法院第7屆第7會期就組織法案之立法結果，行政院組織改造推動小組業於100年8月30日說明在兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素下，行政院院本部與法務部、文化部、金融監督管理委員會、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院及中央選舉委員會等7個機關及其所屬，將於101年1月1日起陸續上路，其餘部會則將於法制完備並籌備周妥後再陸續穩健上路。
行政院組織改造推動小組表示，組織改造雖將配合立法院立法進程採分階段方式施行，惟政府推動組織改造之後續仍將積極各項工作之準備。另組改配套法案「行政院功能業務與組織調整暫行條例」第21條業明定該條例施行至103年12月31日止，因此，各機關組織法草案將依限推動如期完成立法。換言之，組改列車已啟動上路，將持續前進，至於何時到站則將配合立法進程妥適處理。
行政院組織改造推動小組進一步說明，組織改造除應完備相關法制作業外，尚涉及業務調整、人員移撥、預決算處理、辦公廳舍整備、資訊改造及檔案移交等問題，須俟各項配套作業完備，新機關始具備成立之條件，以免影響機關組設之穩定性及為民服務之持續性。按行政院新設機關往例，自組織法經總統公布至施行期間至少需4至8個月以上，以最近成立的教育部所屬國家教育研究院、法務部矯正署及廉政署皆是如此。假若立法院第7屆第7會期完成黨團協商簽字但尚待完成三讀立法之組織法案，若於11月完成立法作業，並於101年1月1日施行，其立法時間與啟動期程太過接近，相關之人員移撥、辦公廳舍及財產點交等籌備工作倘未如期完成，恐將影響政府為民服務品質。惟如部分新機關調整單純，又無立法院附帶決議因合併總統、立委選舉因素之相關疑義，且籌備得宜，亦不排除可於101年1月1日施行。
鑑於行政院組織改造涉及層面甚廣，為讓公務同仁充分瞭解組織改造的進程、員工權益保障等相關事項，行政院組織改造推動小組透過「顧客導向」方式，業於99年8月成立「行政院組織改造服務團」，主動適時提供相關諮詢服務。服務團並自100年7月起採「走動式服務」精神，會同各籌備小組透過座談會方式就關切議題與相關同仁溝通說明，以瞭解並回應各機關同仁對於組織改造之建議，截至100年9月1日，與各機關之說明會及座談會等已達88場次，會中公務同仁對於組織改造分階段施行之期程及規劃均已充分了解，共同體認組改作業必須在「以人民優先」及「無縫接軌」之原則下穩健推動，方能提升國家競爭力。