行政院為提升行政效能，積極推動組織改造工作，依據99年2月3日修正公布之「行政院組織法」規定，新的行政院組織架構自101年1月1日開始施行，行政院組織改造工程邁入新的里程碑。 其中，原行政院金融監督管理委員會自101年7月1日起改制為金融監督管理委員會，仍為行政院所屬中央二級行政機關委員會；其委員會運作方式由合議制改為首長制，委員之任命並採彈性化設計，由行政院院長就相關機關首長、具有金融專業相關學識、經驗之人士派（聘）兼之；另依新修正之金管會組織法第10條規定，金管會之金融監理業務依法獨立行使職權，故金管會在執行金融監理業務，仍維持其原有之獨立性。
為確保組織改造作業在「提升效能」及「無縫接軌」之原則下穩健推動，新機關之運作，係配合立法院分批完成立法，並考量兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組織改造配套作業等因素而採分階段施行，目前行政院院本部及法務部、客家委員會、中央銀行、故宮、中央選舉委員會、行政院人事行政總處、行政院主計總處、公平交易委員會、文化部及飛航安全委員會等機關均已陸續掛牌成立。至其餘已完成立法之部會及所屬，行政院業已訂定施行日期，包括國家通訊傳播委員會定於101年8月1日施行、外交部及僑務委員會定於9月1日施行、財政部及教育部定於102年1月1日施行。
環視全球，組織改造是提升國家競爭力的關鍵因素，行政院將在既有的基礎及規劃下，積極推動後續各項工作，共同打造一個精實、彈性、效能的行政組織，促進國家的永續發展。