推動組織改造是為了改進過去行政院及所屬各機關既有的工作模式，提升行政效能，行政院組織法於立法時已明訂新部會業務區塊，惟各部會細項職掌，則於各部會組織法的層次才會進一步釐訂，來自各界對部會業務分工的意見，於行政院組織改造過程中都須注意，而以明確劃分為目標，其討論的過程，並非媒體所稱的組改亂象，而是各機關必須共同協商達到共識。
截至102年1月1日，在29個部會中，已有16個部會及所屬順利施行，在有待完成立法之13個部會及所屬中，若干部會於討論過程中也釐清相關機關權責，例如有關建設業務之調整，原內政部營建署移入交通及建設部之都市道路等基礎工程業務，經重新檢討後，考量與都市計畫的落實密切相關，將續留內政部辦理，而營建署負責營建產業管理的職掌仍按原規劃移入交通及建設部，現行行政院公共工程委員會所掌理有關工程技術與經費之審議等公共工程相關業務未來仍將移由交通及建設部辦理。因此該部仍具有營建產業管理、工程規範制訂及工程品質查核之功能，且該部於組織調整過程中將高速鐵路工程局及鐵路改建工程局整併為鐵道局，另將國道高速公路局及國道新建工程局整併為高速公路局，這些機關業務仍為交通建設核心業務。「交通及建設部」之機關名稱既已明定於行政院組織法，毋須更動，已能充分反應其業務職掌。
關於森林及氣象業務之歸屬，目前水、土、林及空氣等環境資源分別由不同部會掌理，規劃成立環境資源部，是要將大氣圈、水圈、地圈和生物圈等環境資源予以整合管理齊一事權，讓我們與後代有更好的環境品質。因此，現行農委會森林保育業務，包括林務局掌理之森林、保安林經營管理，已劃歸環境資源部成立「森林及保育署」，以維護森林資源，達到自然保育業務一元化之功效，此並無更改。至於林產、林農相關業務，考量農業生產、農民服務政策規劃及輔導之一體性，為達事權統一之效益，爰釐清由農業部掌理。至原本隸屬交通部的中央氣象局，未來也將移入環境資源部，即使交通及建設部組織法先完成立法，於環境資源部及所屬組織法案完成立法前，該局相關業務仍可由交通及建設部暫為監督，未來配合環境資源部完成立法後再移轉施行。
行政院研考會表示，組改過程難免會有陣痛期，各界討論過程對未完成立法的組織法案不同意見，將會持續說明，與國會建立良好的溝通管道，各新機關組織法案依循「分批完成立法，分階段施行」策略，讓各項業務穩健施行。