行政院組織改造，在行政院組織法、中央行政機關組織基準法、行政院功能業務與組織調整暫行條例、中央政府機關總員額法及行政法人法等組織改造五法陸續於99年1月及100年4月間完成立法，確認新的行政院組織架構由37個部會精簡為29個機關，並自101年1月1日開始施行。行政院組織改造工作自76年推動以來，歷經二十餘年的努力終於達成目標，至為不易，並按既定目標穩健執行中。為周延組改作業，以提升政府效能，透過行政院組織改造推動小組運作機制，已有18個部會及所屬組織法案已完成立法，最新完成立法之衛生福利部行政院已核定自102年7月23日施行，國軍退除役官兵輔導委員會及所屬則有待決定施行日期，目前僅餘11部會及所屬有待完成立法。行政院業依「分批完成立法，分階段施行」原則陸續啟動新機關組織架構，將可達成「精實、彈性、效能」目標：
一、「精實面」：組織數量部分，二級機關數由37個部會精實為29個部會；三級及四級機關（構）則由現行約760個精實至660個。員額數部分，依據行政院人事總處資料顯示，行政院均依新機關組織及業務職掌核實控管，自101年組改啟動迄今，中央機關預算員額已自101年度233,204人減少至102年度231,313人，計精簡1,891人，精簡率約0.8%，顯示中央機關預算員額已趨向精簡。另組織改造前，現行部會首長及副首長人數總計為121人；未來組織改造後，首長及副首長人數總計為104人，重要職務總人數亦合計減少17人。
二、「彈性面」：基準法賦予行政機關為因應施政需要，得以較大的彈性運用多元組織形態，俾提高行政效能，除了機關型態外，另可設立機構、行政法人、獨立機關等多元組織形態。另賦予文教、試驗及研究機構首長之任用，必要時比照（得依）教育人員、醫事人員聘（擔）任等規定，大幅增加首長進用之彈性。同時，各級機關內部組設規模及建制標準採總量管制方式，未來各機關內部組設不再定於組織法律，只於處務規程或辦事細則等行政命令規範司、處、組、科上限，讓各機關可視業務發展需要彈性修正調整，迅速回應實務運作需要。
三、「效能面」：原精省機關及未完成法制化機關，均已改設部會所屬機關或納入業務或輔助單位，在「人員就地安置」原則下，以垂直整合分工觀點賦予全國政策規劃執行之職能；未來中央二級機關將設「綜合規劃司（處）」，增強本院及各部會決策品質與政策規劃量能；又未來中央二級機關資訊單位完成法制化，資訊人力向上集中，將以新部會架構整併所屬機關資訊基礎設施及共用行政資訊系統，並推動共構機房、資訊設備整合應用，減省成本支出及提升整體通資訊安全；此外，法制業務將納入相關業務、輔助單位或明訂設為常設性任務編組辦理，專人專責發揮法制作業效能。