配合行政院組織改造，內政部警政署及所屬機關（構）、內政部空中勤務總隊於103年1月1日啟動新機關組織架構。內政部警政署透過組織調整，整併戶口組、民防組及刑事警察局預防科婦幼安全組，成立防治組，藉由組織層級之提升，強化保障婦幼人身安全之規劃、督導與協調功能；又將原臺灣保安警察總隊、國家公園警察大隊、森林暨自然保育與環境保護等任務編組警察隊及高屏溪流域專責警力，整併成立內政部警政署保安警察第七總隊，以強化協助執行國土保育、環境保護任務之需要。另內政部空中勤務總隊將首長進用管道，改為政務與常務文官任用之雙軌制，增加用人彈性，提升整體效能及空中救災量能。
新機關之運作係配合立法院分批完成立法，兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組織改造配套作業等因素採分階段施行。目前已有國軍退除役官兵輔導委員會等18個部會及所屬以新機關組織架構順利啟動，至未完成立法之10個部會及所屬組織法案也將於法制完備並籌備周妥後陸續穩健施行。