科技部於103年3月3日上午舉行揭牌及佈達儀式，由馬總統、毛副院長與張善政部長3人共同主持揭牌儀式，正式宣告科技部成立。政府引導產學研，投入科研與創新，將邁入新里程。科技部所屬新竹、中部及南部3個園區管理局亦於同日正式成立運作。
馬總統致詞時強調，政府相當重視科技的發展，雖面臨嚴峻的財政困境，但科技預算仍由民國97年的861億元增加到民國103年的938億元，成長接近9%，顯見政府支持科技發展的決心與努力。「創新強國」是未來必走、且非走不可的路，科技部除肩負基礎研究及人才延攬等工作外，亦期許科技部扮演好跨部會協調的角色。
行政院副院長毛治國指出，目前臺灣正處於經濟轉型的轉捩點，前瞻學術研究與產業發展之間，若能更緊密的合作與協助，必能推動「科技創新」與經濟成長。
科技部長張善政表示，未來科技部將成立「學術研究諮議會」及「產學推動諮議會」，以持續鼓勵創新研究及加強產學合作。另科技部也將作為各部會科技發展的協助平台，引領部會間科技研發的優先次序，帶動學界持續投入前瞻研究，厚植臺灣科研能量。
新機關之運作係配合立法院分批完成立法，兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組織改造配套作業等因素而採分階段施行。目前已有21個部會及所屬以新機關組織架構順利啟動，除原住民族委員會組織法業經立法院三讀，施行日期尚待行政院核定外，至未完成立法之7部會及所屬組織法案也將於法制完備並籌備周妥後陸續穩健施行。