行政院98年5月25日院授研綜字第0982260684號函訂頒
壹、一般規定
一、行政院及所屬各機關應依中央行政機關組織基準法（以下簡稱基準法）以及行政院98年4月13日函送立法院審議之「行政院組織法」修正草案（以下簡稱組織法修正草案）、98年4月27日及30日與考試院會銜函送立法院審議之「行政院功能業務與組織調整暫行條例」草案（以下簡稱暫行條例草案）、「中央行政機關組織基準法」部分條文修正草案（以下簡稱基準法修正草案）等規定，辦理組織調整作業。部分機關名稱未更動者，仍須視需要依據基準法最新規定進行調整。
二、依行政院頒「行政院組織改造期間法案整體控管要點」規定，組織法修正草案及暫行條例草案完成立法程序前，各機關組織法規一律不得訂修。但與組織改造無關且不影響組織改造進程，或經本院組織改造推動小組（以下簡稱本院組改小組）同意者，不在此限。
三、各部會（暫行條例草案第2條所稱之原機關）應依組織法修正草案所定之新機關共同組成組織調整規劃分組（計30個分組，如附件1），研提新機關組織調整規劃報告（格式如附件2）提報本院組改小組。組織調整規劃分組應優先檢討現行業務職能朝去任務化、法人化、地方化及委外化（四化）之可行性，經四化檢討確定後機關保留業務事項，依據本作業原則進一步規劃各項業務由某機關（單位）負責，其規劃步驟（如附件3）：(1) 先設計部、委員會（中央二級機關）內部組織架構，(2) 如有必要，再設計部所屬中央三級署、局或機構之組織架構，(3) 最後再考量有否必要設立中央四級分署、分局或機構。
四、各機關應依基準法第9條及第10條規定辦理機關及內部單位之設立、調整或裁撤規劃作業，行政院並得依同法第13條規定辦理組織評鑑，並將評鑑結果送各機關據以辦理。
五、各機關應依據基準法第22條規定，機關內部單位應依職能類同、業務均衡、權責分明、管理經濟、整體配合及規模適中等原則設立或調整之。
六、各機關於辦理上開作業時，亦須將各部會地區辦公室及原精省機關納入規劃。
七、各機關得依業務繁簡、組織規模定其層級，明定隸屬指揮監督關係，不必逐級設立。
八、中央三級、四級機關之組織法規名稱應分別冠中央二級、三級機關名銜，非逐級設立者，應冠指揮監督機關名銜。
貳、行政院及所屬機關規劃原則
一、行政院本部規劃原則
（一）行政院為辦理各項前瞻性、策略性議題設各業務單位處，得由政務委員或其他相當政務職務人員統籌督導，並由行政院院本部各業務單位或相關人員專責辦理。
（二）行政院為辦理性別平等、消費者保護、法制事務等性質特殊業務得設各內部業務單位。
（三）行政院院本部業務單位應依精簡原則設置，並依基準法第8條規定以處務規程明定。
二、中央二級機關（部、委員會）規劃原則
（一）各部之業務依基準法第29條規定劃分之。各委員會角色依第31條規定應以政策統合業務為主，為落實統合事項之執行得設附屬之機關（構），另必要時可為行政法人之監督機關或以派出單位方式辦理相關業務。
（二）依基準法第26條規定，輔助單位得報經一級機關核定為業務單位，但兩者上限原則上不得超過兩類單位高限總和。
（三）新設各部、委員會之各業務單位以處理核心政策之規劃、評估與執行相關業務為主（含綜合處理整體政策規劃業務之單位），至輔助單位則負責內部資源管理等支援服務事項。
（四）中央二級機關組織應以法律定之。
（五）中央銀行、行政院主計總處、行政院人事行政總處及國立故宮博物院依上開原則辦理。
三、中央三級機關（署、局）規劃原則
（一）三級機關之設置，其業務必須以執行為主體，業務並應具公權力屬性、直接服務民眾且為處理技術性或專門性業務需要者。三級機關應具有一定預算及人力規模，其業務以機關自行執行為原則。三級機關名稱為「署」或「局」，「署」用於業務性質與職掌或別於本部，兼具政策與執行之專門性或技術性機關；「局」用於部所擬定政策之全國或轄區執行機關。機關因性質特殊者，得另定名稱。
（二）各部會所屬署、局總數，原則上以參考各部會現有所屬機關數（不含附屬機構），及各部會先前提報擬設之所屬機關數為基準。
四、中央四級機關（分署、分局）規劃原則
（一）各部會應以精簡為原則設具有公權力屬性、直接服務民眾且以執行政策為主之中央四級機關。
（二）四級機關名稱為「分署」、「分局」，依基準法修正草案第25條規定，其業務單位名稱為科。
（三）依基準法修正草案第15條規定所設之地方分支機關以中央四級為規劃原則，其組織並依基準法第4條規定以命令定之，稱為「規程」，另視業務性質得依基準法第5條規定以「準則」作為共同適用之組織命令。
（四）地方分支機關之名稱應冠以服務特定區域之名稱。
（五）中央四級機關應本精簡原則將機關設置數量降至最小化，除有特別條件外（如無法由中央三級機關統籌執行處理，或基於地域需要且具一定服務經濟規模等），應以不設立四級機關為目標，改以中央三級機關之派出單位或任務編組等方式組成；上述派出單位，除有特殊情形外，仍計列內部單位數。
五、附屬各級機關之機構規劃原則
（一）各級機關於組織法規規定權限、職掌範圍內得依基準法修正草案第16條設附屬之實（試）驗、檢驗、研究、文教、醫療、社福、矯正、收容、訓練等機構。
（二）各級機關附屬之機構應本精簡原則設立，並依業務繁簡、組織規模定其層級。定位為中央三級者，其人力與預算規模應與中央三級機關間保持衡平；定位為中央四級者，其相關業務之統合作業得由二級機關內部業務單位辦理。
（三）機構內部單位設計和數量規範，參照「八、各級機關內部單位設置原則」之規定辦理。
六、行政法人規劃原則
（一）依基準法第37條規定，為執行特定公共事務，於國家及地方自治團體以外所設具公法性質之行政法人，應依行政院所擬之「行政法人法」草案規定辦理。
（二）行政法人應朝經濟規模方式為之，性質相近者應規劃整合為單一行政法人，再由該行政法人負責各個個別性業務。
七、重要職務之設置原則
（一）基準法第19條規定各部及委員會（不含獨立機關）所置副首長1人至3人中，1人應列常任職務。
（二）各部、委員會及相當二級機關之獨立機關所屬之署、局、分署、分局等三級及四級機關之副首長1人或2人，均列常任職務。
八、各級機關內部單位設置原則
（一）通案事項
１、依基準法第25條規定，機關內部單位層級之設立，得因機關性質及業務需求彈性調整，不必逐級設立。
２、業務性質如係由中央負責政策規劃為主，則以於機關內設置單位為原則。
３、各機關內部單位應依基準法第22條至第27條規定設置及調整，另考量服務地區需要，得以派出單位或改採任務編組方式組成之。另司法警察機關勤務單位有其特別規定，從其規定。
４、依基準法第8條規定，各級機關內部單位之分工職掌，分別以處務規程及辦事細則定之，均由行政院核定。
５、中央二級機關「部」之業務單位設6司至8司為原則，各司設4科至8科；「委員會」之業務單位設4處至6處為原則，各處設3科至6科。輔助單位不得超過6個處、室，每單位以3科至6科為原則。有關各部、委員會內部單位設計原則如下：
（１）基於強化各部政策領導力，各部業務單位司、科之設置，應考慮將新增業務儘量納入現有各科，業務及人員應儘量整併為一科。
（２）各委員會業務單位處、科之設置則分別朝低限規劃為原則。
６、中央三級機關之業務單位設4組至6組為原則，各組設3科至6科；輔助單位不得超過6個室，每室設3科至6科為原則。為強化署、局之業務單位政策領導力，各業務單位組、科之設置，應考慮將業務儘量納入各科。
７、中央四級機關業務單位設4科至6科為原則；輔助單位不得超過6個室。除機關業務繁重、組織規模龐大者得於業務單位科下分股辦事外，以設立一級為限。
８、業務及輔助單位人員比例標準：
（１）依基準法第23條規定，機關業務單位係指執行機關職掌事項之單位；輔助單位係指辦理秘書、總務、人事、主計、研考、資訊、法制、政風、公關等支援服務事項之單位。各機關之員額分類，應配合上開規定辦理。
（２）基於當前員額配置現況及管理彈性考量，各機關輔助單位人力之配置，應本撙節精神，依下列原則核實辦理：
甲、機關員額配置，應優先充實業務單位有效達成機關功能所需人力，再以協助機關業務單位有效履行各項職掌業務為前提，相對配置輔助單位合理人力。
乙、輔助單位員額配置，應於組織法令規定編制範圍內，參酌機關層級、員額規模及業務繁簡等因素，基於業務屬性相當之同層級機關間衡平性，本撙節精神核實配置，並得視實際業務需要統籌運用人力。
丙、機關因組織整併或業務萎縮，以致業務單位人力有調整精簡者，輔助單位員額應相對等比例減少配置，又業務移撥其他機關者，輔助單位員額應隨同業務檢討等比例移撥。
９、各級機關輔助單位均應朝低限設置為原則，更宜積極考量運用整合模式納入同一單位辦理，並應本精簡原則設置，其單位數應以不超過業務單位數為原則。
１０、各機關之秘書、總務、研考、資訊、法制、公關等支援服務事項之單位，如未符基準法有關輔助單位之一級內部單位設置基準，宜將此等支援服務事項全部或部分整併由同一單位辦理，該單位名稱並得以「行政室」或使用複式名稱定之。至各機關人事、主計、政風等單位並依照一條鞭管理體制辦理。
（二）國際合作（或國際交流）業務辦理原則
１、為促使各部會從事之國際合作或國際交流業務密切合作，外交部宜於國際合作領域扮演積極協調分工角色，加強協調聯繫功能，以確立各部會從事之國際合作計畫符合我國國家利益與外交方針。
２、中央各部會依其組織法有派駐國外單位（人員）者，得設置國際合作專責單位，並依各部會國際合作業務量之規模決定設置司（處）或科。其餘機關如有涉外業務，均宜納入其業務單位（如負責綜合規劃之司〈處〉）或輔助單位（如秘書處〈室〉）辦理。
（三）人事單位設置原則
１、中央一級、二級（含相當二級機關之獨立機關）及三級機關（構）原則設人事處（室）。但情形特殊者不在此限。
２、四級機關（構）職員及聘僱人員預算員額100人以上或依機關屬性、業務性質、管轄區域、實際需要等特殊因素，得設人事室。其中臨時人員人事管理事項，如全部由人事單位辦理者，得納入員額計算基數。
３、未設人事單位者，人事業務由上級機關人事單位辦理；或合併數個機關設人事單位辦理或由本機關（構）置人事人員專責辦理或指定機關（構）人員兼任（辦）。人事業務由上級機關人事單位辦理者，其下級機關之預算員額數得併入上一級機關合併計算人事人員員額之設置人數。
（四）政風單位設置原則
１、中央一、二級（含相當二級機關之獨立機關）及三級機關（構）為端正政風，促進廉能政治，維護機關安全，並辦理公職人員利益衝突迴避、公職人員財產申報、公務人員廉政倫理規範等廉政業務，原則設政風處（室）。但情形特殊者不在此限。
２、中央四級機關（構）職員及聘僱人員預算員額100人以上或有下列業務特性之一，得設政風室：
（１）辦理都市計畫、地政、建築管理、消防、稅務、關務、金融監理、證券及期貨管理、教育行政、法務行政、矯正、司法警察、工商登記、公路監理、衛生醫療、環保稽查、採購業務、重大工程、公產管理、商品檢驗、商標、專利、水利、動植物防疫檢疫，以及其他為有關人民權利義務之行政處分者。
（２）機關安全、公務機密之維護，關係國家安全或國計民生者。
３、中央各級機關，除依前二項規定設政風單位外， 因其他特殊情形，得經法務部報請行政院核定設政風單位。
４、未設政風單位之機關，其政風業務由本機關（構）指定機關（構）人員兼辦並受上級機關政風單位指導。
５、中央各級機關無所屬機關或業務性質單純及預算員額較少者，得經法務部基於政風業務需求考量，本於員額總量管制，於中央各級行政機關政風單位總員額數範圍內，擬訂統籌移撥辦法，報請行政院核定。
（五）會計及統計單位設置原則
１、中央一級、二級（含相當二級機關之獨立機關）及三級機關（構）原則設會計處（室）。但情形特殊者不在此限。
２、中央四級機關（構）預算執行規模原則達5億元以上或職員及聘僱人員預算員額100人以上或有下列業務特性之一，得設會計室：
（１）因預算及會計管理需要，需獨立編列預算、決算及會計報告或兼辦特種公務會計事務者。
（２）其他因機關屬性、業務性質、管轄區域、實際需要及考量獨立行使職權特性等有設置必要者。
３、未設會計單位者，會計業務由上級機關會計單位辦理；或合併數個機關設會計單位辦理或由本機關(構)置會計人員專責辦理或指定機關(構)人員兼任(辦)。會計業務由上級機關會計單位辦理者，其下級機關之預算執行規模及預算員額數得併入上一級機關合併計算會計人員員額之設置人數。
４、各機關統計單位之設置，由行政院主計總處會商機關首長衡酌國家統計業務需要決定。
（六）法制單位設置原則
各機關之法制業務應由具法制專長之專責人員辦理；訴願審議之幕僚工作，亦同。惟為符合基準法對輔助單位總量管制之規定及業務實質功能發揮之考量，除法制及訴願業務達一定規模者與訴願單位合併設立法制專責單位外，得納入相關輔助或業務單位辦理，四級機關原則上不設法制單位。有關法制人力配置，並依行政院98年1月22日院授人力字第0980060586號函訂定「行政院及所屬中央各級機關法制業務人力配置及運用原則」規定核實檢討。
（七）資訊單位設置原則
１、各部原則得設內部一級資訊單位，委員會得設或合併其他性質相近之單位設內部一級資訊單位，職司各部會資訊管理業務之整體規劃、協調與推動等事項。其他單位不再設資訊單位或置資訊人員。
２、各部會所屬機關除提供全國性資訊應用、資訊業務屬核心職能或性質特殊，經報奉行政院核准設資訊單位者外，其餘得由各部會以任務編組或派駐方式派員支應其資訊業務。
九、任務編組
（一）依基準法第27條規定，一級、二級及三級機關得依法設立掌理調查、審議、訴願等單位，原則上以任務編組組成，其名稱原則稱為「會」，所需人員應由相關機關人員派充或兼任。
（二）各機關為辦理監理、覆議及諮詢等業務得設臨時性之任務編組，基於精簡原則，相關業務得合併於同一任務編組辦理，所需人員應由相關機關人員派充或兼任。
參、獨立機關規劃原則
一、獨立機關之設置、運作應依基準法相關規定辦理。
二、相當中央二級獨立機關原則上不設附屬機關，若屬設置地方分支機關者，以相當中央四級機關為規劃原則，並應具有一定之經濟或服務規模標準。
三、相當中央二級獨立機關業務單位設4處至6處為原則，各處設3科至6科，相當二級以外之獨立機關，其內部單位之設立，依機關掌理事務繁簡定之，其重要職務人員設置應依基準法相關規定辦理。
肆、組織調整相關配套
一、行政院組織改造期間員額移撥事項依「行政院組織改造員額配置（含移撥）計畫」辦理。
二、行政院組織改造期間財產接管（含資訊設備）及辦公廳舍調配作業由財政部等主管機關規劃。
三、各機關應配合基準法規範並視組織調整情形與業務性質辦理組織法規訂修或廢止作業，相關事項及所需調整組織法規（含修正、廢止、制定組織法、組織條例、組織規程、組織通則、組織準則、處務規程、辦事細則等）清單由行政院法規會另行規劃。
伍、作業方式與時程
一、行政院及各部會依附件1共同組成組織調整規劃分組，配合本院組改小組進行調整作業，除特殊需要由本院組改小組指請行政院政務委員召集外，原則由各部會副首長一人共同召集，會議召集機關並應指派所屬相關或業務單位主管及人員辦理幕僚作業。各分組之組成應於98年6月5日前完成，免備文知會本院組改小組，並逕行規劃作業。
二、行政院及各部會於進行組織及業務檢討調整過程中，得邀請行政院主計處、人事局、研考會及法規會等機關參加會議，如涉及非屬分組所列主辦機關之其他機關權責者，應邀請其參與協商。
三、行政院及各部會依本作業原則進行新機關組織設計，於所訂期限內完成組織調整規劃報告並提報本院組改小組，同時副知行政院主計處、人事局、研考會及法規會。
四、各機關參照本院組改小組核定之組織調整規劃報告，於行政院組織法修正公布後提報新機關組織法規草案，由本院組改小組進行審議。