「行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點」於107年10月19日修正實施，依該要點規定，各機關擬訂之中長程個案計畫，應衡酌其業務性質、財務需求及重要程度，其涉及重大政策及跨機關性質者，應函報行政院核定，但計畫性質單純或屬例行性業務者，得由各機關自行核定。另中長程個案計畫按其計畫內容可分為社會發展計畫、公共建設計畫及科技發展計畫3類，其中社會發展計畫及公共建設計畫，經行政院交議後，由本會會同有關機關審議；科技發展計畫由國家科學及技術委員會會同有關機關審議。審議結果由上開各機關函復行政院核定。(如下圖)
中長程個案計畫經行政院交議後，本會及國家科學及技術委員會會同相關審議機關針對計畫需求性、可行性、協調性、計畫效果（益）性及對國家安全、社會經濟、自然環境及性別之影響等，就政策面、整合面、資源面等做綜合性及方向性考量，並對同類型計畫排定優先順序或做統整性之建議，進行周詳深入的評估及審議，提供前瞻、完整之審議建議，俾利計畫之推展。