行政院為督促所屬機關善盡監督管理政府捐助財團法人之責，並強化政府捐助之財團法人之規劃、協調及推動等行政監督事項，爰於100年2月函頒實施「政府捐助之財團法人行政監督專案小組設置要點」，由本院政務委員兼任召集人，主計總處副主計長兼任副召集人，邀集行政院副秘書長、人事行政總處、內政部、教育部、法務部、經濟部、交通部、衛生福利部、文化部、科技部及農業委員會等機關之副首長，共同成立「政府捐助之財團法人行政監督專案小組」（以下簡稱專案小組）。
專案小組針對依預算法第41條第4項規定及立法院之決議，須將年度預算書送立法院審議之財團法人，督促其主管機關建置健全之監督機制，妥善監督財團法人之財務、人事等運作情形。為使行政監督相關工作順利推動並運作，行政院於100年6月函頒實施「政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點」；專案小組亦擬具通案性行政規則供各機關據以施行，以強化行政監督機制。
「財團法人法」立法院於107年6月27日三讀通過，經總統107年8月1日公布，並自108年2月1日施行，該法規範財團法人之人事、會計、內控稽核、財務管理、資訊公開制度及退場機制等。爰專案小組已完成階段性任務，於107年10月17日裁撤解編，「政府捐助之財團法人行政監督專案小組設置要點」及「政府捐助之財團法人行政監督機制作業要點」同時停止適用。