行政院組織改造係提升國家競爭力，強化政府治理績效，並因應國際情勢與環境變化之改造工程，其推動作法則是以透過釐清機關職掌以強化政府功能、縮減部會數量以控管公務人力、健全決策機制以減少行政成本及改變組織文化以提升服務績效等4原則為策略，期打造一個「精實、彈性、效能的政府」，以達成提升國家競爭力之願景。
為縝密規劃以順利推動各項組織改造工作，行政院成立「組織改造推動小組」統籌辦理，由副院長擔任召集人，下設7大配套措施工作分組，各新機關亦成立籌備小組，積極推動各項配套措施。透過上述縱向、橫向平台統合各項作業，由相關機關共同研商以釐清細項職掌之分工與調整方向，例如交通及建設部除保留原交通部大部分之業務外，另規劃移入營建署營建產業管理及行政院公共工程委員會有關工程技術與經費之審議等業務，因此交通及建設部未來除保有交通相關業務外，仍具有營建產業管理、工程規範制訂及工程品質查核等功能，名實相符。
另關於森林及氣象業務之歸屬，目前水、土、林及大氣等環境資源分別由不同部會掌理，規劃成立環境資源部，是要將大氣圈、水圈、地圈和生物圈等環境資源予以整合管理齊一事權，讓我們與後代有更好的環境品質。因此，現行農委會森林保育業務，包括林務局掌理之森林、保安林經營管理，原即劃歸環境資源部成立「森林及保育署」，以維護森林資源，達到自然保育業務一元化之功效，尚無林務局組改後仍留在農業部之情形；惟涉及林產、林農相關業務，因應經濟造林與林產業的發展，則將現行林業試驗所維持隸屬農業部，掌理林產之試驗研究，俾利業務運作完整。至原本隸屬交通部的中央氣象局，未來也將移入環境資源部，即使交通及建設部組織法先完成立法，於環境資源部及所屬組織法案完成立法前，該局相關業務仍可由交通及建設部暫為監督，未來配合環境資源部組織法案完成立法後再移轉施行。
本次行政院組織改造將37個部會精簡為29個機關，成為14部、8委員會、3獨立機關、1行、1院、2總處的組織體系，這是政府的核心職能且為四化檢討後之機關保留業務。組織改造不僅是機關數量的精簡（中央二級機關由37個縮減為29個，中央三級機關部分由83個精簡為70個，各級機關總數將由現行約760個降為約660個）；另在人力方面，行政院依據各新機關的組織及業務職掌，重新釐定後之機關編制員額較組改前減少超過10%（已施行之新機關及其所屬各級機關編制員額較組改前精簡約9,386人）。至組改所帶來之效益部分，教育部整合體委會、青輔會，強化全民體育及青年發展之推動，並因應12年國教及幼托整合之實施，設體育署、青年發展署、國民及學前教育署等3個三級機關，建立單一服務窗口，強化政策規劃與執行效能；文化部整合新聞局相關出版產業、廣播電視產業、電影管理，教育部所屬文化藝術類博物館，以及研考會政府出版品等業務，統一文化事權。
未來行政院仍將秉持精實原則，透過員額評鑑檢討新機關業務與人力運用情形，全面抑制員額不當成長，促使機關人力配置更臻合理精實，節省人力成本。
101年1月1日陸續啟動之行政院新架構，大規模整併原有機關之重疊業務及全盤重新調整各新機關之功能職掌，爰政府服務流程勢必需重新加以規劃及檢討。因此在99年1月立法院三讀通過行政院組織改造法案時，立法院亦做成附帶決議，為提升行政效率，行政院應於6個月內提出行政程序簡化方案。據此，行政院研考會已簽請行政院核定先於99年7月函頒「整合服務效能躍升方案」，全面檢討簡化行政流程，以精進行政效能。此外，總統於「黃金十年 國家願景」政綱中，亦再次強調提升政府效能之重要性，是以將「效能躍升」列為「廉能政府」願景的施政主軸之一，要求各機關簡化行政流程，促進跨機關合作，打造彈性、效能、具競爭力的政府。「整合服務躍升方案」已於101年底完成階段性目標，研考會繼續規劃以「全面推廣政府服務流程改造」作為下一階段檢討改造行政流程、提升政府服務效能之策略，並以「善用網路、少用馬路」為原則，鼓勵各機關未來在辦理民眾申請及查詢等業務時，可讓民眾多用網路、少用馬路，在家即獲得服務，而若須到政府機關辦事，亦能臨櫃服務、一次OK，甚至針對有特殊需要民眾，亦可服務到家，期能以機關服務流程改造，讓民眾感受到組織改造的效益。
組織改造工作經緯萬端，非一蹴可及之事。截至102年1月15日為止，行政院所屬29個部會組織法案中，已有過半數之16個部會及所屬以新的組織架構順利啟動，尚餘13個部會及所屬合計78項組織法案尚待完成立法作業。未來行政院仍將持續與相關機關研商，並與國會建立良好的溝通管道，做好新機關各項籌備工作，以利各新機關組織法案依循「穩健、漸進、務實」原則逐步推動施行。