配合行政院組織改造，內政部役政署、內政部建築研究所及教育部青年發展署已於102年9月1日啟動新機關組織架構。內政部役政署透過內部組設調整，將可使兵役制度更臻公平、役男管理更加合宜，進而充分保障役男權益。內政部建築研究所將首長進用管道，改為列簡任第13職等或比照教授以上資格聘任之雙軌任用，以增加用人彈性，有利機關長遠發展。另教育部青年發展署完成法制化，將使教育、體育及青年結合在一起，減少橫向聯繫成本，提升行政效率。
新機關之運作係配合立法院分批完成立法，兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組織改造配套作業等因素而採分階段施行。目前已有衛生福利部等17個部會及所屬以新機關組織架構順利啟動，以及國軍退除役官兵輔導委員會預定於102年11月1日施行，另國家發展委員會及所屬組織法已完成立法，相關組織法規施行日期刻正規劃中，至未完成立法之10個部會及所屬組織法案也將於法制完備並籌備周妥後陸續穩健施行。