部分團體5月14日提出示範區政策的8項疑義，皆與事實不符，本會之澄清內容如後附表，並說明如下。
一、政府持續提升糧食自給率，且沒有鬆綁MIT規定
—為確保國家糧食安全，政府已從生產面（如農地復耕）及消費面（如地產地消）提升糧食自給率，期於2020年達成糧食自給率提升為40%之目標。
—農產品如需掛上MIT，仍需依「原產地證明書及加工證明書管理辦法」辦理，沒有任何鬆綁。
二、新設示範區環評審查均依現行規定辦理
—配合立法院召開5場公聽會，新設示範區已刪除環評審查「平行」與「聯席審查」之規定，均依現行規定辦理。
三、保育類野生動物活體輸出入限縮為「觀賞水族動物」
—配合立法院召開5場公聽會，保育類野生動物活體輸出入，已限縮為「觀賞水族動物」。且進口之觀賞水族動物未經農委會同意，也不得流出示範區。
四、示範區未開放任何大陸人士來臺工作
—示範區並未開放任何大陸人士來臺工作。
—大陸專業人士於示範區商務居留，須由一定規模以上的示範事業始可申請，且仍有資格門檻等相關限制，將於特別條例通過後於子法訂定。
五、示範區推動國際醫療有助於充裕健保財源
—自費醫療並非「階級化」，而是提供醫療服務的「差異化」，亦不得使用健保，不影響國人就醫權益。
—國際醫療專辦機構須提撥一定比率的特許費挹注健保，有助於充裕健保財源。
六、示範區租稅獎勵是擴大稅基；也不會造成屯地炒作
—示範區租稅獎勵是在創造原先不存在的商業機會，擴大稅基，而非在現有的租稅基礎上減稅，且依據稅式支出評估，租稅淨效益介於新臺幣0.29~1.45億元。
—為防止屯地炒作，既有園區土地依原土地租售規定辦理，新設示範區亦有規定：核定後、開發前，2年內禁止土地所有權移轉；區內私有土地如要轉售、轉租，應經管理機關核准。未依規定使用可由管理機關照價收買。
七、教育創新是提升國內辦學品質
—示範區讓國內大學與國外績優大學合作辦學，是提升國內辦學品質。
—國內外大學的合作案，須經過教育部嚴謹審查，不會驟然擴大辦理或流於浮濫。
八、管制性大陸產品不得流入國內市場
—加工後的管制性大陸產品如仍屬管制品，須全數外銷，不得流入國內市場。
—如轉型為依法可輸入的品項，仍須課徵關稅、營業稅、貨物稅等進口稅費才可內銷。(另有附件)